La Universidad de Pamplona nació en 1960, como institución privada, bajo el liderazgo de Presbítero José Faría Bermúdez. En 1970 fue convertida en Universidad Pública del orden departamental, mediante el decreto No 0553 del 5 de Agosto de 1970 y en 1971 el Ministerio de Educación Nacional la facultó para otorgar títulos profesionales según Decreto No. 1550 del 13 de Agosto.

Durante los años sesenta y setenta, la Universidad creció en la línea de formación de licenciados y licenciadas, en la mayoría de las áreas que debían ser atendidas en el sistema educativo: Matemáticas, Química, Biología, Ciencias Sociales, Pedagogía, Administración Educativa, Idiomas Extranjeros, Español – Literatura y Educación Física.

En los años ochenta la Institución dio el salto hacia la formación profesional en otros campos del saber, etapa que inició a finales de esa década con el Programa de Tecnología de Alimentos.

Posteriormente en los años noventa fueron creados en los campos de las Ciencias Naturales y Tecnológicas, los Programas de Microbiología con énfasis en Alimentos, las Ingenierías de Alimentos y Electrónica y la Tecnología en Saneamiento Ambiental. En el campo de la Ciencias Socioeconómicas, el programa de Administración de Sistemas, inicialmente como tecnología y luego a nivel profesional para el año 2001 como programa Administración de Empresas.

Hoy, la Universidad ha ampliado significativamente su oferta educativa logrando atender nuevas demandas de formación profesional, generadas en la región o en la misma evolución de la ciencia, el arte, la técnica y las humanidades a través de las siete facultades que la conforman, a la Facultad de Ciencia Económicas y Empresariales se encuentra adscrito el Departamento de Administración con los programas de Administración de Empresas modalidad Presencial en la ciudad de Pamplona y en la sede de Villa el Rosario, Administración de Empresas modalidad distancia ofertada en: Bogotá, Cúcuta, Bucaramanga, Yopal, Duitama, Riohacha, Valledupar, Sincelejo, Cartagena, Santa Marta, Cali, San José del Guaviare.A nivel de posgrados el Departamento de Administración cuenta con las Especialización en  Alta Gerencia en la ciudad de Pamplona,  Especialización en Gestión de Proyectos Informáticos modalidad virtual, y Especialización en Gerencia de Proyectos en la ciudad de Pamplona.

La Universidad de Pamplona interpretando el contexto nacional y regional, así como las necesidades de su entorno en cuanto a la formación, a nivel de postgrado en el ámbito de la Administración y Gestión, formuló una propuesta para la oferta académica del programa Maestría en Administración en modalidad a distancia y de componente de Profundización. Tal propuesta se materializó en el Acuerdo  del 16 de octubre de 2016, y su entrada en funcionamiento fue aprobada por medio de la Resolución 19668 del 28 de septiembre de 2017 del Ministerio de Educación Nacional (MEN). El programa dio inicio a sus actividades académicas en el año 2017 con 10 maestrantes matriculados. Posteriormente, como producto del proceso de autoevaluación actualmente se gestiona el registro calificado con cambio de modalidad a Virtual. Por otro lado, es importante referenciar que la denominación del programa tiene correspondencia con la Clasificación Internacional Normalizada de la Educación - Campos de Educación y Formación (CINE-F 2013) ubica en la rama de "Administración de Empresas y Derecho, por lo tanto, se corresponde a campos reconocidos de la labor académica y científica tanto a nivel nacional como internacional. De otra parte, el planteamiento curricular está en consonancia con la denominación del programa, ya que le ofrece al maestrante una formación disciplinar que da soporte a la comprensión y aplicación del magister en administración, teniendo dos líneas de profundización: talento humano y mercadeo, que resultan imprescindible para darle coherencia a los objetivos del programa y que debe evidenciarse en el desarrollo de su trabajo de grado.