El programa de Fisioterapia de la Universidad de Pamplona fue creado mediante acuerdo 66 del 31 de agosto del año 2000, el cual fue adscrito a la facultad de Ciencias Naturales y tecnológicas e incorporado al sistema nacional de información de la educación superior el día 6 de abril de 2001.

Simultáneamente a la incorporación del programa de Fisioterapia al SNIES, se creó la facultad de salud mediante acuerdo 010 del 24 de febrero de 2001, como la unidad académica administrativa responsable del proceso de formación de profesionales de la salud. Fueron adscritos a esta facultad, además de Fisioterapia, los siguientes programas: licenciatura en educación física, recreación y deportes; especialización en Educación para la Recreación Comunitaria; Bacteriología y laboratorio Clínico; Nutrición y Dietética; y Biología.

Más adelante el Ministerio de Educación Nacional, mediante resolución No. 3318 de 6 de octubre de 2004, resuelve la solicitud de registro calificado del programa de pregrado de Fisioterapia de la Universidad de Pamplona, por el termino de (7) años. Por otro lado, según resolución 5791 del 3 de diciembre de 2005 se autorizó la ampliación de cobertura del programa a la sede de villa del rosario. Sin embargo, a partir de estudios de análisis de viabilidad del funcionamiento del programa, se determinó finalizar con la ampliación del programa en dicha sede a partir del segundo semestre de 2008. Posteriormente, el Programa de Fisioterapia obtuvo la renovación de su registro calificado el 19 de Abril de 2013 mediante Resolución 4288 del MEN.         

Para el segundo semestre de 2016 contaba con 578 egresados, distribuidos en veintiuna (21) cohortes, en su mayoría provenientes de la Costa Atlántica colombiana, de los llanos orientales y de la Ciudad de Cúcuta ya que es el único programa ofrecido en una universidad pública en la región.

Para el segundo semestre académico del 2016, el programa cuenta con un total de 219 estudiantes, distribuidos así: 218 estudiantes en la sede de Pamplona y uno en la sede de Villa del Rosario.

Respecto al personal docente, existen siete docentes de planta y quince ocasionales. Entre el segundo semestre de 2006 y el primer semestre del año 2016, han egresado un total de 578 profesionales, quienes están distribuidos en diferentes municipios del departamento, la región (incluyendo la frontera) y el país.

 La mayoría de los egresados se encuentran actualmente en diversos escenarios laborales de cobertura nacional, regional y local. Es de resaltar, que estos jóvenes han llegado a sus pueblos y ciudades de origen a desarrollar proyectos con la comunidad como líderes de servicios de rehabilitación, incursionando en varias áreas (Manejo Asistencial, Promoción y Prevención, Salud y Seguridad en el Trabajo, y otros), en manejo de programas de Promoción y Prevención a nivel de alcaldías y gobernaciones, y en especial, a laborar en medios alternativos y comunitarios de sus regiones de procedencia. Otros han emigrado de Colombia para adelantar estudios de posgrados en el exterior y a la vez laborar en su área de formación.

El Programa de Fisioterapia de la Universidad de Pamplona no solo favorece a los habitantes del municipio y el departamento, sino también a los de regiones de zona de influencia, en las cuales ha extendido su impacto, sin olvidar la influencia, que tiene en la zona fronteriza con Venezuela.

• Región Costa Atlantica: departamentos de atlántico, bolívar, cesar, cordoba, la guajira y magdalena.
• Región de los santanderes: departamento de Santander  y norte de Santander     
• Región Orinoquia-amazonia: departamentos de Amazonas, Arauca, Guainia, Guaviare, putumayo, Vaupés y vichada.
• Región de los llanos: departamento de caqueta, Casanare y meta.