La Universidad de Pamplona en sus inicios centró su actividad académica en programas del área de educación y es partir del año 1983 con la creación de la Tecnología de Alimentos y posteriormente la Ingeniería de Alimentos que se dan los cimientos para la formulación de los programas de postgrados en el área de alimentos.

Teniendo en cuenta la madurez del programa de Ingeniería de Alimentos y como una necesidad sentida de los egresados y en cumplimiento de las directrices formuladas por el Ministerio de Educación Nacional (MEN) de formar a los profesionales a nivel de maestría se crea el programa de Maestría en Ciencia y Tecnología de Alimentos mediante el Acuerdo No 073 del 10 de Septiembre de 2002, fue aprobado su funcionamiento por el MEN mediante la Resolución 1672 del 21 de julio de 2003, renovado su registro calificado según Resolución 892 del 25 de febrero de 2009 y Resolución 10921 del 01 junio de 2016 del MEN.

La maestría en Ciencia y Tecnología de Alimentos fue la segunda maestría creada en la Universidad y desde sus inicios hasta el momento se han formado diez cohortes de maestrandos y se han entregado al mercado 33 graduados los cuales están ubicados laboralmente en el sector educativo, donde 24 están en universidades públicas y 9 en universidades y entidades privadas.

El plan de estudios del programa es coherente con los lineamientos de Ministerio de Educación y se ajusta a la regulación del registro calificado mediante el cual se verifica el cumplimiento de las condiciones de calidad. Los cambios curriculares surgidos de los procesos de autoevaluación han permitido incrementar la oferta de las electivas, fortalecer los laboratorios de investigación. Durante el tiempo de funcionamiento del programa se han formado profesionales tanto del área de Ingeniería de Alimentos como de áreas afines tales como Ingeniería Agroindustrial, Ingeniería Química, Nutrición y Microbiología, los cuales le aportan con sus conocimientos tanto al sector educativo como industrial.

A nivel educativo se ha fortalecido el talento humano de instituciones de educación básica y de universidades tales como la Universidad Industrial de Santander, Universidad Francisco de Paula Santander, Universidad de la Paz, Universidad de Santander, Universidad de Córdoba, Universidad de Cartagena, Universidad Cooperativa de Colombia, Servicio Nacional de Aprendizaje SENA y a nivel internacional la Universidad Nacional y Experimental del Táchira y el Instituto Universitario Tecnológico de Venezuela. También se ha aportadodesde la ejecución de los trabajos de grado a resolver diversas necesidades de las regiones de origen de los estudiantes así como de las solicitudes de las diferentes empresas o entidades a las que estos pertenecían.