Los grupos de investigación con sus respectivas líneas de Investigación que en la actualidad soportan el programa son:

Grupo de Investigaciones en Ingeniería y Tecnología de los Alimentos (GINTAL, categorizado en Colciencias en B) cuyas líneas de investigación son:

• Calidad e Inocuidad de Alimentos y Agua Potable.
• Innovación y Desarrollo Tecnológico.
• Optimización de procesos y vida útil de productos alimentarios.
• Poscosecha de frutas y hortalizas.

Grupo de Investigaciones en Recursos Naturales (Categoría Colciencias A), cuyas líneas de Investigación son:

• Aseguramiento de Calidad.
• Calidad e Inocuidad de Alimentos y Agua Potable.
• Biotecnología.

Grupo de Automatización y Control (Categoría Colciencias A) cuyas líneas de investigación son:

• Automatización y control de procesos industriales.
• Simulación y Modelamiento de Procesos.

Grupo de Investigación en Microbiología y Biotecnología: (GIMBIO), Clasificado por Colciencias en categoría A. cuya línea de investigación es:

• Ciencia y Tecnología de Alimentos.
• Microbiología Ambiental.

Grupo de Investigaciones en Energía, Transformación Química y Medio Ambiente, Clasificado por Colciencias en categoría B. cuyas líneas de investigación son:

• Agroindustrial.
• Transformación química.

Grupo de Biocalorimetria (Clasificado por Colciencias en categoría B) cuya línea de investigación es:

• Análisis térmico de materiales

Grupo Productos Verdes (GVP,Clasificado por Colciencias en categoría C) cuya línea de investigación es:

• Productos Naturales

Grupo de Investigaión en Bioprocesos y Alimentos GIBA (Clasificado por Colciencias en categoría C) Institucional, cuyas lineas de investigación son

• Biotecnología de Macro y Microalgas
• Innovación y Desarrollo Tecnológico
• Seguridad Alimentaria y Nutricional