El programa de Bacteriología y Laboratorio Clínico de la Universidad de Pamplona Inició con la propuesta que realizara el profesor Jacid Palomino, Magister en Genética, en febrero del año 2000 y fue adscrito como departamento a la Facultad de Salud. La justificación al crearse fue: “el programa responde a la necesidad de aplicar los conocimientos aportados por el avance científico tecnológico al desarrollo del país, dado que permitirá la formación de profesionales y científicos, que además de asegurar un puesto en el mercado laboral, ofrezcan alternativas para fomentar el progreso regional y nacional”

El programa inició en el segundo semestre del año 2001 bajo la dirección del docente Nelson Uribe Delgado, Bacteriólogo y Laboratorista Clínico de la Universidad Industrial de Santander, Magister en Microbiología y Especialista  en Administración y Docencia Universitaria. Inició con 80 estudiantes provenientes de diferentes regiones del país, con preferencia de los departamentos de Santander, Norte de Santander, Guajira, Magdalena, Bolívar, Sucre, Arauca y Boyacá. En el año 2002 después de una reflexión académica soportada en la necesidad de ofrecer un currículo que atendiera a las necesidades del quehacer del bacteriólogo, se realizó la primera reforma del plan de estudios.

A partir de Noviembre del año 2002, el programa fue dirigido por el docente Raúl Rodríguez Martínez, Bacteriólogo y Laboratorista Clínico de la Universidad Industrial de Santander y Magister en Microbiología. Bajo su dirección se da inicio en marzo de 2002 al desarrollo de los requisitos mínimos para el funcionamiento del programa, documento entregado en mayo de 2003. En este año el programa logró importantes avances en la infraestructura física mediante la construcción y adquisición de los laboratorios: Bacteriología, Hematología y Micología.  Adicionalmente el programa entra a formar parte de la Asociación de Programas de Bacteriología (APROBAC)

En el año 2004 como parte de la macro-política institucional del plan doctorando y atendiendo a las necesidades de cualificación del talento docente del programa, inicia el doctorado el profesor Nelson Uribe Delgado en la Universidad de Salamanca (España) en el área de Enfermedades Tropicales. Posteriormente, en el año 2005 los profesores Raúl Rodríguez Martínez y Wendy Nieto Pérez, comienzan su formación Doctoral en las áreas de Microbiología y Genética Molecular y Biología Molecular del Cáncer, respectivamente, en la Universidad de Salamanca. En el mismo año la docente Berlin Luxelly Londoño Rentería comenzó sus estudios de Doctorado en Medicina Tropical en la Universidad de Tulaine (USA). Para el año 2018 el progama cuenta con 6 docentes tiempo completo, 2 de ellos con Doctorado y 4 con Maestría, una de ellas, Diana Patricia Bohada Lizarazo está en comisión de estudios, cursando su Doctorado.

En el año 2005 la dirección del departamento la asumió la profesora Lucy Carolina Vargas, Bacterióloga y Laboratorista Clínico de la Universidad Industrial de Santander y Magister en Ciencias- Microbiología de la Universidad Nacional de Colombia sede Bogotá, quien lideró el departamento hasta el año 2008 durante este periodo se amplió el número de laboratorios de 3 a 5, creando los laboratorios de Inmunoquimica y Correlación Clínica. En el  segundo semestre del año 2006, se gradúa la primera promoción de Bacteriólogos y Laboratoristas Clínicos de la Universidad de Pamplona (8 en total). En este mismo año, el programa recibe la visita de los pares académicos obteniendo el registro calificado según resolución 3891 del  18 de Julio de 2006, mediante la cual se otorgó por el termino de siete años para su funcionamiento. De acuerdo al informe suministrado por el par evaluador, el programa cumplió con los requisitos exigidos en la normatividad vigente y se realizaron algunos ajustes necesarios de acuerdo a las recomendaciones de los pares.

Durante el año 2009 el Departamento fue encargado a la docente Rosahyra Milena Sandoval Cote, Bacterióloga y Laboratorista Clínico de la Universidad de Antioquia, Especialista en Laboratorio de Inmunología Clínica de la Universidad Javeriana de Bogotá. En el año 2010 nuevamente la docente Lucy Carolina Vargas retoma la dirección hasta el primer semestre de 2014.En este año se realizaron cambios referentes a la intensidad horaria de asignaturas como Bioestadística y Seminario de investigación, con el propósito de favorecer un mayor espacio para el desarrollo de la formación investigativa de los estudiantes; además se realizó modificación del contenido del curso de Genética, para orientarlo hacia un enfoque antrópico.

En año 2012 se redefine el número de estudiantes nuevos para el primer semestre, permitiendo atender de manera responsable y comprometida la formación de los estudiantes, en el marco de la normatividad de docencia servicio, pasa de 50  a  30 cupos en la actualidad cumpliendo el Decreto 2376 de 2012.

En el primer semestre del 2014 se recibió la visita para renovación de registro calificado, obteniendo un resultado favorable de la misma y culminando otra etapa de la dirección a cargo de la docente Lucy Carolina Vargas. Para el segundo semestre de 2014 y  hasta abril de 2018, la Bacterióloga y laboratorista clínico, Rocio Isabel Romero Bernal, asume la dirección de Departamento, liderando el programa avalado por la resolución 15081 del 12 de Septiembre de 2014, de registro calificado expedida por el Ministerio de Educación Nacional.

El Departamento cuenta con un solo programa de pregrado que lleva el mismo nombre y con una coordinación de práctica que comenzó a funcionar en el año 2004 bajo el liderazgo de la profesora Daisy Janeth Carvajal Barrera, que se oficializó en el año 2005. Las prácticas se iniciaron en el primer semestre del año 2005 en el Hospital San Juan de Dios de Pamplona y Hospital Universitario Erasmo Meoz de la ciudad de Cúcuta.  A medida que se fue incrementando el número de estudiantes en práctica, se realizaron nuevos convenios docentes servicio con instituciones de salud del sector público y privado, así como convenios de cooperación nacionales e internacionales con universidades e institutos de investigación.