La Maestría en Ciencias Agrarias de la Universidad de Pamplona se propone por el Departamento de Agronomía como una solución para satisfacer las necesidades de la educación posgraduada en Norte de Santander. El programa fue creado por acuerdo n.° 079 del 27 de septiembre de 2017, emitido por el Honorable Consejo Superior de la Universidad de Pamplona. Su plan de estudios fue aprobado por el Consejo Académico mediante el acuerdo n.° 102 del 16 de noviembre de 2017. Y, posteriormente, el Ministerio de Educación Nacional (MEN) otorgó su aprobación mediante la resolución n.° 013937 del 15 de agosto de 2018

La maestría comenzó su primera cohorte en agosto de 2019 y ya cuenta con cinco cohortes y siete egresados. Es un programa con modalidad presencial y metodología en investigación, con mucha fuerza en las alternativas de producción agropecuaria sostenible que combina las investigaciones fundamentales y aplicadas, que se distingue por su rigor científico técnico y su interacción con los problemas económicos, ambientales y sociales del sector productivo.

Los docentes del programa realizan sus investigaciones bajo la coordinación del tres grupos de investigadores, Grupo de Investigación en Agricultura y Ganadería Sostenible (GIAS), categorizado A en MINCIENCIAS, el Grupo de Agroecología y Transformación Agraria Sostenible (GIATAS) y el Grupo de Investigación en Ciencias Animales, categorizados B en MINCIENCIAS.