La Maestría en Ciencias Económicas se crea mediante el acuerdo 035 del 21 de mayo de 2014, bajo la metodología Distancia apoyada en las TICs, en modalidad profundización. Mediante acuerdo 022 del 29 de abril de 2015 se modifica el acuerdo 035 donde se define la denominación en Maestría en Ciencias Económicas metodología Distancia apoyada en las Tics, en modalidad profundización.

La apertura de la primera cohorte se lleva a cabo el 16 de febrero de 2016, al 2024 se han abierto 10 cohortes 1 de ellas bajo la modalidad virtual, asimismo, la maestría cuenta con 40 graduados. Actualmente la maestría mediante resolución Nº 024848 del 20 de diciembre de 2023 se resuelve la renovación y modificación del registro calificado del programa de Maestría en Ciencias Económicas en profundización de la Universidad de Pamplona, modalidad virtual (antes a distancia) en la sede de Pamplona (Norte de Santander) y dejar sin efectos la Resolución 009918 del 21 de junio de 2023.