El programa de Ingeniería Agronómica de la Universidad de Pamplona inicia mediante el Acuerdo Nº 069 del10 de septiembre del 2003 por el cual se crea el programa académico con la denominación de “Agronomía”; el documento del programa presentado ante el Ministerio de Educación Nacional fue construido por los ingenieros agrónomos Isaías Ernesto Guerrero Marcucci y Oswaldo Augusto Hurtado Garzón (Q.E.P.D).

Las clases inician en febrero del 2004 bajo la dirección del decano M. VZ. M. Sc. Albeiro Patiño Herrera y la dirección del Programa PhD Enrique Quevedo García, los docentes Tiempo Completo Ph. D. Guillermo Peñaranda Cáceres y M. Sc. César Villamizar Quiñonez, con un grupo de 42 estudiantes en la Granja Experimental Villa Marina.

La actual denominación como programa de ingeniería agronómica se aprobó mediante resolución emanada por el CSU en diciembre del 2005, gracias a la gestión del primer ingeniero agrónomo nombrado decano de la Facultad de Ciencias Agrarias César Villamizar Quiñonez. La primera promoción de Ingenieros Agrónomos se llevó a cabo en el año 2009.