El programa de Ingeniería Agronómica de la Universidad de Pamplona fue creado  mediante Acuerdo Nº 069 del 10 de septiembre del 2002,  inicialmente con la denominación de  “Agronomía”  y posteriormente  se cambia la denominación del programa por la denominación de “Ingeniería Agronómica” (Acuerdo No. 189 del 2 de diciembre del 2005), inició labores  en primer semestre del 2004 recibiendo a los primeros estudiantes, bajo la dirección del profesor Enrique Quevedo García, hoy cuenta con 382 estudiantes y 176 egresados de todas las regiones del país en sus 14 años de existencia.

El programa se ha especializado en el manejo de sistemas de producción en la montaña santandereana, así como en el cultivo de duraznero, de gran importancia en la provincia de Pamplona, sin descuidar otros sistemas productivos de relevancia para el país.

Los docentes del programa realizan sus investigaciones bajo la coordinación del Grupo de Investigación en Agricultura y Ganadería Sostenible GIAS, categorizado B en Colciencias y dos semilleros de investigación, Sanidad Vegetal Sostenible y Sistemas de Producción Agropecuaria Sostenible, para formar a sus estudiantes.