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La Universidad de Pamplona interpretando el contexto nacional y regional, así como las necesidades de su entorno en cuanto a la formación, a nivel de postgrado, de profesionales en el ámbito de la Biología Molecular y la Biotecnología, formuló una propuesta para la oferta académica del programa Maestría en Biología Molecular y Biotecnología de modalidad presencial y de componente de investigación. Tal propuesta se materializó en el Acuerdo 071 del 10 de septiembre de 2002, y su entrada en funcionamiento fue aprobada por medio de la Resolución 1974 del 22 de agosto de 2003 del Ministerio de Educación Nacional (MEN).
El programa dio inicio a sus actividades académicas en el año 2004. Posteriormente, se renovó el registro calificado, el cual fue otorgado por un período de 7 años mediante la Resolución 9416 del 12 de Diciembre de 2008, expedida por el MEN. Como producto de la revisión de su estructura curricular, en el año 2010 surgió la necesidad de actualizar y modificar el plan de estudios, el cual se aprobó mediante el Acuerdo 062 del 17 de julio de 2013. Con la implementación de este nuevo plan de estudios el programa obtuvo la renovación de su registrocalificado con la Resolución 14437 de 7 de septiembre en el 2015. A día de hoy, el programa cuenta con registro calificado otorgado por medio de la Resolución 005258 del 07 de Abril de 2022. En una trayectoria de 20 años de labores académicas e investigativas, el programa responde a la necesidad local y nacional, de profesionales del área de las Ciencias Básicas y Aplicadas, que da soporte a la comprensión y aplicación de los métodos de la Biología molecular y la Biotecnología en diferentes sectores de la actividad humana.
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