Durante el primer semestre de 2004, se iniciaron los estudios de factibilidad y viabilidad para la construcción efectiva del Programa de Medicina de la Universidad de Pamplona. La favorabilidad para la apertura del programa se soportó en los críticos resultados de indicadores como los enunciados a continuación:

Para la época el promedio de médicos generales en el país era de 1.6 por cada 1000 habitantes, en la región nortesantandereana solo alcanzaba el 0.3 por cada 1.000 habitantes, según indicadores demográficos y de salud del año 2001. La carencia en la  cobertura  de personal médico era muy sentida por una población que sobrepasaba los 732.600 habitantes en la zona urbana de la ciudad de Cúcuta y los 1.750.685 en  el Departamento de N. de S. de los cuales un 18% eran jóvenes en edad de formación universitaria.

La alta prevalencia y diversidad de enfermedades endémicas emergentes y reemergentes, características de la zona nororiental del país (Dengue, Chagas, VIH, cáncer gástrico, cáncer de cuello uterino, enfermedades cardiovasculares, diabetes, hipertensión arterial, IRA, consumo de estupefacientes, homicidios,  E.T.S.)

La necesidad de generar investigación científica disciplinar e interdisciplinar en medicina y salud a nivel local y regional.

Los permanentes desplazamientos y oleadas migratorias de amplios sectores poblacionales desde los ámbitos rurales (Catatumbo, Tibú, Arauca, el Tarra, Sardinata, Convención) hacia las  zonas marginales urbanas de la ciudad de Cúcuta. Incrementando la población suburbana de invasión y hacinamiento.

La violencia generalizada como producto de actividades ilícitas de narcotráfico, bandas criminales, guerrilla, paramilitarismo, mercado negro de capitales, trata de personas,  con  un constante flujo de combatientes e individuos dedicados a estas actividades ilegales, que van rotando por todo el país, pero tienen a Cúcuta como epicentro fronterizo de sus operaciones, originando graves conflictos de salud pública.

La necesidad sentida de educación en salud y  medicina (democratización medica), dirigida a amplios sectores de la población norte-santandereana, que requiere desarrollar estrategias de promoción, prevención, diagnósticos previos, estilos de vida saludables  y otros factores de mejoramiento de su bienestar biopsicosocial

La carencia de una facultad que ofertara el programa de medicina en la ciudad de Cúcuta y su área de influencia nororiental, no obstante el alto índice (un 18%) de potencialidad y talento de  jóvenes en edad de formación universitaria, en relación con la población del departamento de N. de S. (1.750.685 habitantes). Como consecuencia de esta carencia, también  se presenta la inviabilidad futura de formación médica a nivel postgradual y el sometimiento a la  dependencia total de médicos formados en otras latitudes diferentes a las particularidades del contexto regional.

La ubicación geoespacial de la ciudad de Cúcuta  propia de zona de frontera caliente,  con una amplia población flotante binacional con la República Bolivariana de Venezuela, que la convierte en escenario de permanente vulnerabilidad y riesgo epidemiológico.

La valoración de la ciudad de Cúcuta como un polo de desarrollo nacional y binacional, perfilada como una ciudad eje para el futuro próximo, con grandes potencialidades para  el intercambio comercial, científico, tecnológico, cultural, Industrial y de encuentro de Colombia con el mundo, a través de las rutas del Atlántico, que hace imprescindible tener activo un contingente de profesionales médicos preparados para el relevo generacional.

En Cúcuta se encontró una alta diversidad cultural-poblacional, que la caracterizaba como región  pluricultural, (mulatos, mestizos, negros, indígenas, comunidades y colonias extranjeras). Denota una amplia diversidad en pensamientos, cosmovisiones y prácticas médicas, importantes como patrimonio epistémico-cultural nacional. También existen en el departamento de N. de S. colectividades de personas con capacidades diversas, que requieren atención médica integral especializada.

A nivel institucional de la Universidad de Pamplona, el programa de medicina era fundamental para la consolidación de la Facultad de Salud que ofertaba una diversidad de programas del área de la salud y presentaba un crecimiento vertiginoso en cobertura, proyectos de investigación y extensión social, concordante con los objetivos del PEI y con las políticas de educación nacional que pregonaban amplitud en cobertura educativa  con calidad. Daba también cumplimiento a la función misional de la universidad de ser líderes en formación superior a nivel regional, en este aspecto el programa de medicina se constituyó como alternativa de complementariedad para cubrir la diversidad de saberes en el conocimiento científico de la salud humana. Conceptualmente la universidad se orientó hacia una educación que debía desarrollar un tipo de praxis donde el pensamiento ecologizante se convirtiera en fundamento de formación, lo cual implicaba la articulación del conocimiento desde una concepción  integral, y en una relación inseparable con el medio cultural, social, económico, político y natural, en forma holística.

Con estos fundamentos, el Consejo Superior de la Universidad de Pamplona mediante acuerdo N° 032 del 16 de Marzo de 2004 legalizó la creación del Programa de Medicina. En el mes de Julio del 2005, se realizó la presentación y sustentación del documento del programa de medicina ante los pares evaluadores del Ministerio de Educación Nacional (académicos de la Universidad Nacional de Colombia y de la Universidad el Bosque,) quienes  conceptualizaron favorablemente y otorgaron aprobación para la apertura del programa, mediante resolución de Registro Calificado 5882 del 13 de Diciembre de 2005 del Ministerio de Educación Nacional y código de registro ICFES 121246100005451811500.

El programa de Medicina quedó adscrito a la Facultad de Salud, se ofertó por primera en el segundo semestre académico del  año 2005, inicia labores  con 65 estudiantes en su primera cohorte en el primer semestre académico del 2006 según lo estipulado en su plan de acción.  El diseño del programa inicialmente fue pensado para que los primeros cinco semestres académicos del ciclo de formación básica, se impartieran en el municipio de Pamplona.   A partir del sexto semestre hasta el décimo semestre, periodo de  la formación clínica y comunitaria, se realizara en la ciudad de Cúcuta, en concordancia con los escenarios adecuados, fue evidente que Pamplona no disponía de  sitios para prácticas clínicas y del recurso humano requerido con el  nivel de complejidad apropiado y pertinente a la formación de médicos(as), ni con la capacidad técnico-científica, de talento humano y de infraestructura mínimos requeridos. La selección para ingreso de las primeras cohortes de estudiantes, se efectuó mediante pruebas de conocimientos escritas, preparadas y asesoradas por la Universidad de Antioquia.

Desde su creación, el currículo de medicina fue concebido y construido pedagógicamente a partir de los lineamientos del  acuerdo 041 de 25 de Julio de 2002, el cual establece la organización y estructura curricular de la Universidad de Pamplona, que está fundamentada en cuatro componentes de formación profesional: básica, complementaria, profesional específica y de profundización. El pensamiento pedagógico del programa de medicina se enmarcó teóricamente en el sistema constructivista-cognitivo, centrado en los intereses del estudiante, en los procesos de aprendizaje significativo, en la utilización de métodos de enseñanza-aprendizaje basados en la resolución de problemas, cuyo objetivo fundamental fue preparar al estudiante para el autoaprendizaje, el desarrollo de competencias del saber aprender, saber hacer, saber comunicar, saber convivir. Las competencias apuntaron a la integración de los conocimientos genéricos o transversales y su  aplicación a la realidad,  para  posibilitar y  garantizar el aseguramiento de la calidad en la educación médica. 

Se pensó en educar con una formación sólidamente integral y un enfoque holístico, plural, humanístico y democrático del conocimiento. Se enfocó el educar con una concepción interdisciplinaria aplicada a los procesos de investigación. Se buscaba lograr la mayor consistencia entre el perfil del egresado y los objetivos sociales de la profesión. El currículo se pensó más ubicado en ciclos de formación en coherencia con las necesidades en salud del ser humano, sin restricciones ni exclusiones de ningún tipo, donde  los tiempos y espacios sean flexibles.

También se propuso la construcción de comunidades académicas y de conocimiento, para aprovechar la diversidad y fortalecer la unidad de saberes, fundamento imprescindible para la emergencia de una escuela de pensamiento médico autónoma a mediano plazo. En la práctica pedagógica cotidiana real, imperó el sistema clásico de enseñanza-aprendizaje, con contenidos organizados en áreas y asignaturas con orden de importancia jerárquicas, centrado en la tradicional transmisión de conocimientos del profesor al alumno y con evaluación mensurable y cuantitativa  de resultados y logros de aprendizaje.

Desde  el pensamiento médico, se impulsó la idea de desbordar el modelo hipocrático clásico patocéntrico, biologicista, positivista, mecanicista y ahistórico, centrado en el diagnóstico y la curación. Para ir posibilitando y sembrando en la mente del discente, una equidad discursiva fecunda entre el paradigma biomédico clásico y el socio-medico, más determinado por el aprendizaje, la investigación y la aplicación de los principios biopsicosociales que rigen el bienestar integral del ser humano. Desde sus inicios se buscó fortalecer la atención médica en la promoción de la salud y prevención de la enfermedad, teniendo como eje de acción la salud pública familiar y comunitaria. La atención en salud centrada en el paciente, que pasa a ser un protagonista activo y auto-responsable de su bienestar integral. La tendencia del currículo fue hacia la consolidación de un enfoque en la formación médica basado en la salud pública, la familia y la comunidad. Romper los esquemas tradicionales de educación médica, ha sido una tarea ardua del programa de medicina, que está dando sus frutos, sin duda como respuesta a las realidades de salud de la comunidad, del crecimiento institucional, del contexto de acción del programa y de la mejor formación del talento humano responsable del desarrollo del programa de medicina.

El Programa de Medicina, inició labores el primer semestre del 2006. Posteriormente durante el desarrollo del programa de medicina, fue necesario realizar algunos ajustes académicos y normativos. La primera reestructuración del plan de estudios se dio mediante el Acuerdo N° 055 de Consejo Académico del 21 de Julio de 2006. Así mismo, se reglamentó su asimilación al nuevo plan de estudios mediante el Acuerdo N° 056 de Consejo Académico del 21 de Julio de 2006. El nuevo plan de estudios tiene un número de 229 créditos académicos.

Posteriormente el 29 de Marzo de 2007, mediante el Acuerdo N° 034 de Consejo Académico se reestructuro por segunda vez el plan de estudios, consistió básicamente en reacomodación de créditos y asignaturas. El nuevo plan de estudios quedó con 231 créditos académicos.

El 13 de Agosto de 2007, mediante el Acuerdo N° 064 del Consejo Académico, se reestructura nuevamente el plan de estudios del programa de medicina con el cambio de nombre y número de créditos de la asignatura de Bioestadística. El programa conserva el número de créditos totales.

Para la selección de los aspirantes a estudios de pregrado en medicina se regirá por lo establecido en el Acuerdo Nº 061 de Consejo Académico del 19 de Junio de 2007. El Acuerdo N° 062 del Consejo Académico del 19 de Junio de 2007, aprueba la reglamentación del examen de admisión para los aspirantes a ingresar al programa de medicina. 

Mediante el Acuerdo N° 011 de 31 de Marzo de 2009, se reestructura el plan de estudios del programa. Se reorganiza la actividad investigativa del programa.  El número de créditos totales queda en 250.

El  23 de Julio de 2009, mediante el Acuerdo N° 046 de Consejo Académico se realiza otra reestructuración del plan de estudios. Se buscó incrementar el número de créditos totales pasando a 247. Así mismo, la adecuación de la proporción de horas teóricas y prácticas tanto en ciencias básicas y en ciencias clínicas, la promoción desde los primeros semestres en medicina comunitaria y el fomento y reorientación de los componentes de electivas de profundización y de investigación. De igual manera por Acuerdo N° 047 de 23 de Julio de 2009 se establece el plan de asimilación al nuevo pensum de medicina. El  10 de Febrero de 2010 mediante Acuerdo N° 004 de Consejo Académico, se complementa el plan de asimilación al Nuevo plan de estudios del programa de medicina.  

El Acuerdo N° 073 del Consejo Académico de 25 de Octubre de 2010, modifica los requisitos y criterios de selección para los aspirantes a ingresar al programa de medicina. El acuerdo N° 133 del Consejo Académico de 03 de Diciembre de 2014, modifica los requisitos y criterios de selección para los aspirantes a ingresar al programa de medicina.

La Universidad de Pamplona mediante Acuerdo N° 061 de 26 de septiembre de 2011, aprueba el reglamento de prácticas formativas y de docencia-servicio del programa de medicina.

A partir del año lectivo de  2010,  acorde con el desarrollo  y consolidación académica,  el Comité de Programa  de Medicina, teniendo como finalidad la consolidación del programa, decide trasladar a la ciudad de Cúcuta sus actividades formativas a partir del tercer semestre, ofreciéndose en Pamplona el primero y segundo semestre académico.

El Ministerio de Educación Nacional mediante Resolución número 14544 de 16 de Octubre 2013 renueva el Registro Calificado al programa de Medicina de la Universidad de Pamplona por un término de siete años.

Como una forma de fomentar la calidad y ampliar la oportunidad en los aspirantes al programa de medicina y a la comunidad en general, el programa de medicina decide constituir un curso premédico. Este fue reglamentado y aprobado por Acuerdo N° 138 de Consejo Académico del 09 de Diciembre de 2014, ofertándose la primera cohorte en el primer semestre del 2015 y recibiendo 140 estudiantes.  

A la fecha Enero de 2018, el programa cuenta con 302 egresados,  correspondientes a trece promociones.   El número de estudiantes matriculados activos a Febrero de 2017 es de 691.

El número de docentes del programa a Febrero de 2017 es de 120, entre profesores de planta tiempo completo, medio tiempo, ocasionales y de cátedra. Con nivel de formación de  especialista,  maestría y doctorado y con gran  diversidad disciplinar.

El programa de Medicina cuenta con una página web. Con un programa semanal  de radio local universitario. Una revista de difusión científica. Ha realizado internamente desde el momento de su creación simposios, congresos y actividades de formación continua.