El programa de Microbiología tiene como propósito fundamental el de formar profesionales con una sólida base académica, técnico-científica y socio humanística, que, con sus capacidades y competencias, contribuyan al mejoramiento del nivel de vida de su región y, en consecuencia, al desarrollo de la nación. En este proceso es importante, como elemento retroalimentador, el accionar de nuestros egresados como agentes de cambio, así como su papel en la generación, difusión y transferencia de conocimientos en los diferentes campos de aplicación de la microbiología.

El propósito del programa refleja su compromiso con la búsqueda de la excelencia académica en el futuro microbiólogo, sin dejar de lado su dimensión humana y social, permitiéndole desempeñarse con el nivel de competencia científica y profesional que las funciones propias de la disciplina le señalen. Por un lado, el aspecto técnico científico que procura el programa hace  referencia a los aspectos formativos claves que identifican y le dan identidad al microbiólogo de  la Universidad de Pamplona, permitiéndole incursionar en los ámbitos del control y aseguramiento de la calidad de diversidad de productos de consumo humano, en la estandarización de métodos diagnósticos, así como en la formulación y ejecución de proyectos de índole biotecnológica con el enorme espectro de aplicación que los mismos pueden tener, entre otros. Sin embargo, el propósito definido en el programa direcciona estas acciones y las contextualiza a la generación de algún tipo de bienestar social a nivel local o nacional, lo cual implica que el egresado del programa no pierda de vista su papel como agente social con potencial transformador. Adicionalmente, se considera que los egresados como consecuencia de la dinámica social y con las herramientas de telecomunicación actuales, se constituyan en una masa crítica que retroalimente adecuadamente el programa y que se potencie como comunidad al compartir información crucial y facilitar la transferencia de información técnica entre sus miembros.